キャラクター名、接触ダメージを記す。倒すことでコインが1枚現れるものは「*」印。
こちらが近づくと追いかけてくる。踏む、ヒップドロップ、スピン、ホバーポンプの水の部分など基本的にどんな方法でも倒せる敵。デザインは「ヨッシーアイランド」より。カメックの魔法で現れることも。
体が大きい。クリボーと基本的に同じだが、スピンは当てる距離が遠いと倒せないことも。
体が小さい。クリボーと基本的に同じで、当たるとしっかりダメージを受ける。スピンでよく吹き飛ぶ。
踏む、スピンで壁に当てるなどして潰すと倒せる。なぜか「スーパーマリオサンシャイン」のサンボの声になっている。デザインは「ヨッシーアイランド」より。
プロペラのついたヘイホーで、左右に漂っている。移動スピードは遅い。こちらが攻撃するとヘイホーになる。踏むとこちらがスピン状態になる。
攻撃するとコウラ(Koopa Shell)になり、これを一部の敵(クリボー、ノコノコ、パタパタ、どんけつ)にぶつけると吹き飛ばせる。ちなみにコウラは穴に落ちない限り残る。デザインは「ヨッシーアイランド」より。なお、コウラは赤や青、黒のものもある。赤・青は「Hazy Maze Cave」、黒は「Lethal Lava Land」で登場する。
羽根の生えたノコノコで、空中に静止している。踏む、ヒップドロップでノコノコに、スピンなどでコウラになる。
こちらが近づくと火がついて追いかけてきて、しばらくすると爆発する。その時、壊せるブロックに接近していると壊れる。こちらがヒップドロップやスピンで攻撃したり、他のボム兵の爆発が当たったりしても爆発するが、基本的にこちらから爆発させた時は爆風に巻き込まれず、後者の場合はダメージを受ける。カメックの魔法でも現れ、爆発寸前のものを落としてきたりする。こちらはコインが出現しない。
主に溶岩のステージに登場し、こちらが近づくと追いかけてきて、体当たりで足場から落とそうとする。こちらはいろんな攻撃で吹き飛ばせる。溶岩に落とすと倒せる。
基本的にはどんけつと同じだが、それよりも体当たりが強く、吹き飛ばしにくい。溶岩に3回落とすと倒せる。ボス役の場合、倒すとシャインが出現する。また、アイスどんけつは外見以外同じである。
主に水中に登場し、こちらが近づくと追いかけてくる。ヒップドロップ、スピンなど踏みつけ以外で倒せる。また、陸にいても飛び出して体当たりしてくることがあるので注意。
基本的にプクプクと同じ。
「Boo's Mansion」に登場。こちらと目が合うと静止し、背中を向けると近寄ってくる。倒せず、踏む・ヒップドロップで下に、スピンやホバーポンプの水の部分を当てると上に吹き飛ばせる。「緑スイッチ」・「黄スイッチ」を押すと現れるものもある。サイズが小さいものもいる。デザインは「ヨッシーアイランド」より。
基本的にテレサと同じ。
氷のステージに登場。当たると弾かれる。こちらもスピンで少し吹き飛ばせる。デザインは「ヨッシーアイランド」のターくんより。
その場に浮いているペンギン。無敵スターで体当たりすると吹っ飛び、ペンギンになる。それ以外の攻撃ではひるまない。
害のない敵。上に乗ることができる。デザインは「ヨッシーアイランド」より。
骨になったあほーどり。攻撃すると翼が取れ、ほねあほーむしになる。デザインは「ヨッシーアイランド」より。
翼の取れたほねあほーどり。踏みつけやヒップドロップで倒せる。なぜかスピンやホバーポンプの水では倒せない。
直進するものと、追尾(ホーミング)してくるものがいる。無限に発射される。この敵のみ衝突しても倒せる。踏むとポンプの赤いゲージが少し回復する。なお、砲台(Bullet Bill Base)は本編のみ乗ることができ、Level Designerでは乗ることができない。[未完成版]の「Bowser's Castle」のみ虹色キラーがいるが、Level Designerでも色の値を「0」にすることで、虹色キラーを作ることができる。デザインは「ヨッシーアイランド」より。
キャラクター名、接触ダメージのほか、登場するコースを記す。3回ダメージを与えると倒すことができる。
ジャンプして衝撃波を起こしたり、ボム兵を投げつけたりしてくる。
氷の国のどんけつ。でかどんけつと動きは同じ。
シャインを取ろうとすると、窓の光を遮断して襲い掛かってくる。暗いと姿が見えづらく、体当たりで一方的にダメージを受ける。
ここでは、どんけつの塔のボスとして登場。
地面やマリオに触れるとクリボーかボム兵に変化する魔法と、爆発する魔法の2種類の魔法を放ってくる。たまに爆発寸前のボム兵と青コインを落とす。こちらから攻撃はできず、一定時間が過ぎるまで耐えることで雑魚キャラを巨大化させて逃亡する。
カメックがクリボーを巨大化させたもの。クリボーたちを蹴散らしながら襲い掛かってくる。大ジャンプして押しつぶしてくるほか、生存中は左右の土管から常にクリボーが出現し続ける。
カメックがどんけつを巨大化させたもの。溶岩に落とすたびに巨大化し、2回落とすとかなりの巨体となる。また、生存中はクリボー2体と追跡するキラーが常に出現し続ける。
直進する赤い火の玉とバウンドする紫の火の玉を吐いたり、ファイアブレスで攻撃してくる。ジャンプしながら火の玉を吐くこともある。ジャンプ時には衝撃波を起こす。ダメージを与えるごとに動きが速くなり、火の玉を吐く数も増える。
「Bowser's Castle」ではクッパのロボットが中ボスとして登場。クッパクラウンに乗り込んで、押しつぶしたりカメックの魔法を大量に降らせたりしてくる。ここでの火の玉は赤と紫のほか、追跡したり(緑色)、大きくバウンドしたり(青色)、爆発したり(灰色)とバリエーションに富んでいる。
最終戦では宇宙で対戦。クッパ自体は特に変化はないが、フィールドに隕石が大量に降ってくる。デザインは「プリンセスピーチ」より。
下を通ると落下してくる。落下した後は定位置に戻る。Level Designerでは回転移動ブロックでこのデザインを選べる他、最新版のみこれを使うことができる。
一定間隔で噴き出す炎。触れるとダメージを受けて跳び上がる。クッパのファイアブレスも同じものである。最新版のLevel Designerではこれを使うことができる。
「Bob-Omb Battle Field」や「Hazy Maze Cave」で登場。触れると少し吹っ飛ばされる。真正面から当たると潰される。
クッパ戦で登場。「Bowser's First Trap」や「Bowser's Second Trap」ではフィールドの端に設置してあり、「Bowser's Castle」では宇宙空間を浮遊している。クッパにダメージを与えるための仕掛けであり、故意に近づかなければ当たることはない。また、マリオ64と異なり、クッパ戦1,2でもクッパに3回ダメージを与えなければ倒せないため、爆発しても復活する。
「Bowser's Castle」の後半で登場。大量に降ってくる。当たると爆発し、ダメージを受ける。
「Hazy Maze Cave」に登場。入っていると、水で酸素がなくなるのと同じように体力が減っていく。