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*Bowtie
Bowtieは高速でメモリ効率のよいshort read alignerです。
Bowtieはヒトゲノムに対して35-bpの短いリードを一時間に2500万リードアライメントすることができます。
Bowtieはメモリの要求量を小さく保つために、ゲノムをBurrows-Wheeler index によってインデックスします。必要なメモリ量はヒトゲノムの場合2.2 GBです(ペアエンドの場合、2.9 GB )。
http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
Bowtieはおそらく今一番早いshort read alignerです。デフォルトのオプションではBowtieはアライメントがベストヒットであることを保証しないし、ヒットがユニークかどうか教えてくれない。しかし、スピードが遅くなっても良ければこの動作を改善することができる。
** 関連ソフト
*** TopHat
TopHat はRNA-Seq readのスプライスジャンクションを高速にマッピングするためのソフトウエアです。
http://tophat.cbcb.umd.edu/
*** Crossbow
CrossbowはbowtieとSOAPSNPをHadoopを利用して並列に実行するためのソフトウエアです。
** 更新履歴
- 0.12.5 release - 4/10/10
- 0.12.4 release - 4/5/10
- 0.12.3 release - 2/17/10
- 0.12.2 release - 2/2/10
- 0.12.1 release - 1/8/10
*Bowtie
Bowtieは高速でメモリ効率のよいshort read alignerです。
Bowtieはヒトゲノムに対して35-bpの短いリードを一時間に2500万リードアライメントすることができます。
Bowtieはメモリの要求量を小さく保つために、ゲノムをBurrows-Wheeler index によってインデックスします。必要なメモリ量はヒトゲノムの場合2.2 GBです(ペアエンドの場合、2.9 GB )。
http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
Bowtieはおそらく今一番早いshort read alignerです。デフォルトのオプションではBowtieはアライメントがベストヒットであることを保証しないし、ヒットがユニークかどうか教えてくれない。しかし、スピードが遅くなっても良ければこの動作を改善することができる。
** 関連ソフト
*** TopHat
TopHat はRNA-Seq readのスプライスジャンクションを高速にマッピングするためのソフトウエアです。
http://tophat.cbcb.umd.edu/
*** Crossbow
CrossbowはbowtieとSOAPSNPをHadoopを利用して並列に実行するためのソフトウエアです。
http://bowtie-bio.sourceforge.net/crossbow/index.shtml
** 更新履歴
- 0.12.5 release - 4/10/10
- 0.12.4 release - 4/5/10
- 0.12.3 release - 2/17/10
- 0.12.2 release - 2/2/10
- 0.12.1 release - 1/8/10
