ngssoft @ ウィキ

Short-Read Sequence Alignment

名前		Multi-thread	License	Platform
Bowtie		Yes	Artistic License	Illumina
MAQ			GPL	Illumina,SOLiD (partial)
BWA			GPL and MIT license	Illumina; SOLiD; 454; Sanger
SOAPaligner			GPL(現在ソースを公開していない)	Illumina
SHRiMP2				SOLiD; Illumina; 454
segemehl				Illumina
RMAP				Illumina、Roche/454、ABI SOLiD

評価

http://massgenomics.wordpress.com/2008/05/14/short-read-aligners-maq-eland-and-others/
2008/05/14に書かれたので古いかも？

http://lh3lh3.users.sourceforge.net/NGSalign.shtml
BWAとMAQの開発者によるShort-Read Sequence Alignerの評価
Illuminaのデータを解析するならBWAがお勧め。ただし、まだあまり使われていないが欠点らしい。