Bowtie
Bowtieは高速でメモリ効率のよいshort read alignerです。
Bowtieはヒトゲノムに対して35-bpの短いリードを一時間に2500万リードアライメントすることができます。
Bowtieはメモリの要求量を小さく保つために、ゲノムをBurrows-Wheeler index によってインデックスします。必要なメモリ量はヒトゲノムの場合2.2 GBです(ペアエンドの場合、2.9 GB )。
Bowtieはおそらく今一番早いshort read alignerです。デフォルトのオプションではBowtieはアライメントがベストヒットであることを保証しないし、ヒットがユニークかどうか教えてくれない。しかし、スピードが遅くなっても良ければこの動作を改善することができる。
関連ソフト
TopHat
Crossbow
更新履歴
- 0.12.5 release - 4/10/10
- 0.12.4 release - 4/5/10
- 0.12.3 release - 2/17/10
- 0.12.2 release - 2/2/10
- 0.12.1 release - 1/8/10
最終更新:2010年07月09日 05:54