Bowtie


※上記の広告は60日以上更新のないWIKIに表示されています。更新することで広告が下部へ移動します。

Bowtie


Bowtieは高速でメモリ効率のよいshort read alignerです。
Bowtieはヒトゲノムに対して35-bpの短いリードを一時間に2500万リードアライメントすることができます。
Bowtieはメモリの要求量を小さく保つために、ゲノムをBurrows-Wheeler index によってインデックスします。必要なメモリ量はヒトゲノムの場合2.2 GBです(ペアエンドの場合、2.9 GB )。


Bowtieはおそらく今一番早いshort read alignerです。デフォルトのオプションではBowtieはアライメントがベストヒットであることを保証しないし、ヒットがユニークかどうか教えてくれない。しかし、スピードが遅くなっても良ければこの動作を改善することができる。

関連ソフト


TopHat

TopHat はRNA-Seq readのスプライスジャンクションを高速にマッピングするためのソフトウエアです。
http://tophat.cbcb.umd.edu/

Crossbow

CrossbowはbowtieとSOAPSNPをHadoopを利用して並列に実行するためのソフトウエアです。
http://bowtie-bio.sourceforge.net/crossbow/index.shtml


更新履歴

  • 0.12.5 release - 4/10/10
  • 0.12.4 release - 4/5/10
  • 0.12.3 release - 2/17/10
  • 0.12.2 release - 2/2/10
  • 0.12.1 release - 1/8/10